La Consejería de Medio Ambiente, Universidades, Investigación y Mar Menor ha elaborado un censo de aves en el entorno de la Base Aérea del Ejército del Aire en San Javier, en el que contabiliza 7.713 aves invernantes en los espacios naturales protegidos cercanos. Estos espacios incluyen tanto el propio Mar Menor y sus islas como Las Encañizadas, Salinas de San Pedro del Pinatar, Marina del Carmolí, saladares de Los Urrutias y Lo Poyo y la playa de La Hita. Además, a este listado se ha añadido la depuradora de Los Alcázares, debido a su proximidad a la instalación y a que está considerada como humedal prioritario en el censo anual de aves acuáticas, tanto de invernantes como de nidificantes.
El censo de aves se elaboró a petición del Mando Aéreo General de la Base Aérea de San Javier y se extiende en un radio de 13 kilómetros alrededor de ésta para que sus responsables establezcan un Sistema de Control de Fauna y a fin de desarrollar las operaciones de vuelo en un entorno seguro, ya que el riesgo de colisión con estas aves podría suponer problemas para los aviones desplegados en la instalación.
A través del censo, Medio Ambiente ha identificado que la especie más abundante en la zona que rodea a la base es la gaviota patiamarilla (Larus michaellis), con un total de 1.981 aves censadas. La siguiente especie más numerosa es el cormorán grande (Phalacrocorax carbo), con 1.576 individuos avistados. Ninguna de estas dos especies está protegida, pero debido a su relevancia en estos espacios, se incluyen en los censos de aves invernantes.
Los censos de aves acuáticas se realizan en dos periodos, invernal y estival (nidificantes). En el primero, los datos se obtienen mediante conteo directo en cada uno de los tipos de humedales y de litoral, preferentemente durante las primeras horas del día. El esfuerzo de censo se concentra en el tiempo para que los datos sean homogéneos, desde noviembre hasta mediados de febrero. En el caso de las nidificantes, se llegan a realizar hasta ocho visitas por humedal, dependiendo de su importancia para las aves acuáticas, ya sea por su número y diversidad de especies presentes. Estos censos se realizan entre marzo y julio, teniendo en cuenta la fenología reproductora de las especies.
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